Ce ne sont pas les plus anciennes armoiries mais celles qui furent officiellement enregistrées le 26 septembre 1698 par Jean de HARANEDER-PUTIL, bayle (maire) de la cité. Le lion d’or, la crosse épiscopale et le trois-mâts sont les témoins de l’histoire de Saint-Jean-de-Luz. Le lion d’or couronné indique l’appartenance de la ville à la province du Labourd.

La paroisse, mentionnée pour la première fois dans les écrits au XIème siècle sous le nom de Sanstus Johannes de Luis appartient alors à la vicomté du Labourd créée en 1032 par le roi de Navarre. La crosse épiscopale est le symbole du chapitre de la cathédrale qui devient seigneur-baron de la ville.

En 1154, à la suite du mariage d’Aliénor d’Aquitaine avec Henri II Plantagenêt, le Labourd, comme l’ensemble de l’Aquitaine, passe pour trois siècles sous domination anglaise. En 1570, les chanoines, lassés des conflits avec les édiles luziens, leur accordent l’autonomie contre 2000 livres : Saint-Jean-de-Luz devient alors ville noble.

Le trois-mâts évoque l’importance et la richesse du port depuis le XVème siècle. Saint-Jean-de-Luz est alors le seul port actif au sud de Bordeaux car l’Adour est ensablé dès Capbreton. En 1473, le roi Louis XI accorde le statut de port franc à la ville et l’exemption du droit d’entrée des marchandises arrivant par terre ou par mer.

Ces privilèges économiques, confirmés par tous les rois de France puis les grandes pêches à la baleine et  à la morue, l’armement de bateaux corsaires font de Saint-Jean-de-Luz l’une des villes les plus prospères du Labourd jusqu’au XVIIème siècle.