Les parties les plus anciennes, comme le clocher porche et quelques fenêtres donnant sur la rue Gambetta datent du XIVè ou XVè siècles. En 1649, on fait appel à Louis de Milhet, architecte du Roi fixé à Bayonne, qui établit les nouveaux plans de l’église. C’est dans une église en chantier que se marieront Louis XIV et l’Infante Marie Thérèse, en 1660.